この記事では、食品工場のエネルギー使用の中心である「加熱」と「冷却」の工程に絞って、設備更新に使える国の補助金を整理します。蒸気ボイラや温水の電化、冷凍機の自然冷媒化、両方の工程をつなぐ熱回収について、どの制度が対象になり、補助率や対象経費がどう違うかが分かります。工場全般の制度の一覧は製造業・工場で使える脱炭素補助金をご覧ください。

食品工場は「熱をつくる」と「熱を捨てる」を同時に行っている

食品工場では、殺菌・煮炊き・洗浄・乾燥のためにボイラで蒸気や温水をつくる一方で、製品の冷却・冷蔵・冷凍のために冷凍機やチラーで熱を外へ捨てています。補助金の検討でも、この二つの工程を分けて考えると制度を選びやすくなります。

加熱工程：ボイラの電化と燃料転換

経済産業省の省エネ・非化石転換補助金（SIIが執行）の「電化・脱炭素燃転型」は、化石燃料のボイラなどを電気の設備に替える電化や、より低炭素な燃料への転換を支援します。令和7年度補正予算の公募要領には、事業例として温水ボイラをヒートポンプに替える事業（低温域）や、蒸気ボイラを電気ボイラに替える事業（中温域）が示されています。

• 補助率：更新事業は1/2以内（中小企業者等、大企業とも）
• 上限額：3億円（電化する事業は5億円）、下限額30万円
• 対象経費：設備費（付帯設備を含む）。工事費は中小企業者等に限り対象
• 注意点：一般的なヒートポンプで対応できる低温域の熱は電化のみが対象で、温水ボイラを別の燃料のボイラに替えるだけでは対象になりません

同じSIIの「設備単位型」でも、高性能ボイラや産業ヒートポンプへの更新が対象です。産業ヒートポンプの区分には、空冷ヒートポンプチラー（温水利用）、循環加温式、温水ヒートポンプ（熱回収・水熱源）、熱風ヒートポンプ、蒸気発生ヒートポンプが含まれます。設備単位型の従来枠は補助率1/3以内、上限1億円で、補助対象経費は設備費のみです。電化の詳しい要件は電化・脱炭素燃転型の解説をご覧ください。

令和7年度補正予算の4次公募（設備単位型・電化・脱炭素燃転型）は、2026年10月5日から10月30日17時必着です。

冷却工程：自然冷媒の冷凍機と業務用冷蔵設備

環境省の「コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業」（執行団体：日本冷媒・環境保全機構＝JRECO）は、アンモニアやCO2などの自然冷媒を使い、同じ能力のフロン機器よりCO2排出の少ない機器の導入を支援します。公募要領では「食品製造工場」を、食品とその原材料・冷却材を製造・加工する工場と定義し、その製造・加工プロセスで冷却・冷蔵・冷凍に使う設備を対象としています。

• 補助率：原則1/3以下。「先進的な中小企業」に合致し、採択審査の得点順で最大上位20%以内の事業者は1/2以下
• 上限額：1事業者当たり5億円
• 令和8年度の公募：春公募（4月24日〜5月25日）と秋公募（9月14日〜10月13日）が行われ、いずれも終了

一方、SIIの設備単位型にも「冷凍冷蔵設備」の区分があり、電気冷蔵庫・電気冷凍庫、冷凍機内蔵形ショーケース、コンデンシングユニット、冷凍冷蔵ユニットが対象です。比較的小さな業務用の冷蔵・冷凍設備はSII、工程の大型冷凍機を自然冷媒に替える場合はJRECOの事業、というのが基本的な使い分けです。制度の詳細は自然冷媒機器の補助金で解説しています。

加熱と冷却をつなぐ熱回収

冷却工程で捨てている熱をヒートポンプで回収し、洗浄用の温水などに使えば、ボイラの燃料と冷却塔の電力を同時に減らせます。こうした工程全体の改修には、環境省の「脱炭素技術等による工場・事業場の省CO2化加速事業（SHIFT事業）」の省CO2型システムへの改修支援事業が候補になります。

• 電化・燃料転換・熱回収などで、CO2排出量を工場・事業場単位で15%以上、または主要なシステム系統で30%以上削減する設備導入が対象
• 補助率1/3、補助上限はCO2排出削減量に応じて1億円または5億円
• 蒸気システム、給湯システムなどの単純な高効率化改修は対象外

令和8年度は三次公募（2026年9月11日開始、第2回締切10月15日正午）まで行われ、受付は終わっています。ボイラを高効率品に入れ替えるだけならSIIの設備単位型、排熱の回収を含めて工程の熱の流れを組み替えるならSHIFT事業、と目的で分けて考えます。

検討の進め方

どの温度域の熱かによって、電化の可否と対象制度が変わります。冷凍機をSIIで申請するかJRECOで申請するかも早めに決めておきます。JRECOの公募要領は、国の他の補助金を受けた設備を対象外としています。

見積は、設備費と工事費を分けて取ります。SIIの設備単位型は設備費のみ、電化・脱炭素燃転型は中小企業者等に限り工事費も対象になるため、同じ機器でも補助額が変わるからです。単年度事業は年度内の完了が前提なので、生産計画上ラインを止められる時期と公募のスケジュールを並べて計画を立てます。

なお、急速冷却・急速凍結機や解凍機、食料品加熱撹拌機などは、中小企業省力化投資補助金（カタログ注文型）の製品カテゴリにも追加されています。人手不足への対応が主目的の場合は、省エネ補助金とは別にこちらも確認するとよいでしょう。各制度の条件は年度ごとに見直されるため、申請前に最新の公募要領を確認してください。

まとめ

食品工場の補助金は、加熱工程ならSIIの電化・脱炭素燃転型と設備単位型、冷却工程ならJRECOの自然冷媒機器補助とSIIの冷凍冷蔵設備、工程をまたぐ熱回収なら環境省のSHIFT事業が中心です。どの温度の熱をどれだけ使っているかを把握することが、制度選びの出発点になります。

タンソーマンGXでは、食品工場のボイラや冷凍機の更新について、使える制度の選定から省エネ計算、申請書類の作成、実績報告までを支援しています。詳しくは補助金支援のページをご覧ください。

参考資料

• SII 令和7年度補正予算 省エネ・非化石転換補助金（設備単位型）4次公募
• SII 設備単位型・電化・脱炭素燃転型 公募要領＜4次公募用＞（2026年10月）
• 日本冷媒・環境保全機構 令和8年度 コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業 公募
• 同 令和8年度秋公募 公募要領
• 環境省 令和8年度 SHIFT事業の公募開始について（三次公募）（2026年9月11日）
• 温室効果ガス審査協会 SHIFT事業ウェブサイト
• 中小企業省力化投資補助金 製品カタログ（カタログ注文型）

本記事の内容は2026年10月22日時点で公表されている資料に基づきます。最新の条件は各事務局の公募要領をご確認ください。